La Comisión Paritaria de seguimiento del Centro José Guerrero es el órgano competente para su gestión estratégica y la toma de decisiones más relevantes en los asuntos que le conciernen. A ella le corresponde velar por el cumplimiento de lo previsto en el contrato de comodato, en particular respecto a sus fines y objetivos; realizar el seguimiento de la evolución del Centro; y aprobar los planes anuales de actuación, así como verificar su cumplimiento, entre otras funciones.

La integran seis miembros de pleno derecho designados por las partes concordantes (tres por la Diputación de Granada y tres por los herederos de José Guerrero) y otros cuatro miembros invitados, con voz y sin voto, en representación del Ministerio de Cultura, la Junta de Andalucía, el Ayuntamiento de Granada y la Asociación de Amigos del Centro José Guerrero.